Fundalianza cuenta con un equipo de alta calidad personal y profesional, además de amplia experiencia en el manejo de organizaciones sin ánimo de lucro y con fines sociales.
La fundación tiene como máximo órgano de dirección la asamblea general de Fundadores y Co-fundadores, que se encarga de elegir la junta directiva (Integrada por 5 miembros principales y 5 suplentes). La junta designa al gerente (Representante Legal) y de éste depende la Dirección Ejecutiva.