Fundalianza cuenta con un Representante legal con funciones administrativas bajo la figura del gerente, y con un órgano de control que es la Revisoría fiscal.
El Representante Legal es quien vela por los intereses de la Fundación y celebra los actos y los contratos para el desarrollo de su objeto social.
La Revisoría Fiscal está en cabeza de un Contador Público titulado, quien no es integrante de la Fundación en ninguna de sus modalidades. Vela porque se lleven actualizadas la contabilidad, la ejecución presupuestal y debidamente las actas.